これは自分が2回線目のメアドに1回線目に使っていたau IDのメアドを移植して2回戦目のSIMをギガ活用の回線にした時の記録ですが…

まずは予備のメアドを1つ用意したうえで、
①1回線目のメアドを一旦他のメアドに変更する
②2回線目のメアドを1回線目で使っていたメアドに変更
③1回線目のメアドを2回線目で使っていたメアドに変更
④ギガ活に使う対象メアドを使って登録手続きを再度行う

これでやってましたが何ら問題なかったです。
ちなみにau PAYを先に使った後での手続きでしたが、当日以降有効ということで後日プロモコードが届きました。