過去におサイフケータイを使っていなかった(未利用)のであれば本体初期化しても何ら問題ありません。
モバイルSuicaなど何らかのアプリを入れて情報を書き込んでいた場合には本体初期化しただけではチップの情報が消えないのでその際にはショップ持ち込みで消去作業する必要が出てきます。

昔ドコモのSO-01K使ってた時にFelica使った覚えないのに某所で何故か情報が入ってるよって言われてすぐにショップに持ち込んだのを思い出しました。